Milieu of omgeving is, in de biologie en de ecologie, het geheel van uitwendige voorwaarden en invloeden die voor een organisme, hetzij dier (inclusief de mens), plant of micro-organisme, van essentieel belang zijn. Het is de omgeving waarin, en waarvan het organisme, mede afhankelijk van de soort, al dan niet kan leven. De feitelijke leefomgeving van een organisme is zijn habitat.